ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
حسین مرادی شهر بابک؛ پریسا بیابانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ مهدی مخبر
چکیده
در مطالعه‌ی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرم‌افزار Plink انجام شد. به-طوری‌که جایگاه‌ها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدست‌رفته، ...
بیشتر
در مطالعه‌ی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرم‌افزار Plink انجام شد. به-طوری‌که جایگاه‌ها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدست‌رفته، نشانگرهای SNP با MAF کمتر از 1 درصد و نیز نشانگرهای SNP که بر اساس تصحیح بنفرونی خارج از تعادل هاردی – واینبرگ بودند، حذف شدند. درنهایت تعداد 509 رأس حیوان با تعداد 13512 نشانگر SNP برای مطالعات ساختار جمعیت مورداستفاده قرار گرفت. بررسی و شناسایی گروه‌های ژنتیکی با استفاده از آنالیز تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و توسط پکیج آماری GenABEL انجام شد. اطلاعات مربوط به آنالیز PCA و اختلاط جمعیتی نشان داد که جمعیت‌های موردمطالعه در چهار گروه مجزا شامل گاوهای سرابی خالص در گروه اول، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور در گروه دوم، جمعیت‌های اصیل هلشتاین در گروه سوم و نژادهای بومی ایران در گروه چهارم قرار دارند. همچنین نتایج آنالیز شاخص تمایز جمعیتی (FST) نشان‌دهنده دامنه‌ی وسیعی از تمایز بین جمعیت‌ها از 180/0 بین نژادهای سیستانی و کردی تا 007/0 و 004/0 در بین نژادهای هلشتاین ایران و ایرلند با هلشتاین فرانسه بود. بررسی تمایز جمعیتی دام‌های بومی با هلشتاین اصیل حاکی از آن بود که نژاد سیستانی بالاترین تمایز را با نژادهای مختلف هلشتاین (128/0 تا 138/0) دارد و با اختلاف اندک نسبت به سایر نژادها، نژاد کردی و مازندرانی کمترین تمایز ژنتیکی را با جمعیت‌های هلشتاین موردمطالعه داشتند.
