نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران.

2 دانشیار، بخش بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران.

3 استادیار، بخش ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران.

4 استادیار، بخش علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی صفی‌آباد-دزفول، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، دزفول، ایران.

چکیده

هدف از انجام این تحقیق بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی با کمک آنالیز توالی‌های تکرارشونده کوتاه در جمعیت اسب کاسپین ایران بود. برای انجام این تحقیق از اطلاعات 17 جایگاه STR بدست آمده از 514 اسب کاسپین استفاده گردید. برای تمامی جایگاه‌های STR مورد مطالعه فراوانی آللی، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار، غنای آللی، میزان کمبود هتروزیگوت در جمعیت (F_is)، محتوای اطلاعات چند شکلی، آزمون هاردی-واینبرگ، تنوع ژنی ، محاسبه گردید. همچنین در این مطالعه اندازه‌ی موثر جمعیت (Ne) برای نسل حال حاضر با کمک یک برآوردگر تک جمعیتی بر پایه‌ی اطلاعات LD با در نظر گرفتن حدآستانه های مختلف جهت حذف آلل‌های کمیاب محاسبه گردید. نتایج نشان داد که تنوع آللی مشاهده شده برای جایگاه های STR در جمعیت کاسپین بسیار بیشتر از آن مقداری بوده که قبلا تصور می‌شد. همچنین روند تغییرات میزان هموزایگوستی در سال های اخیر افزایشی بوده که احتمالا به دلیل تلاقی‌های بیشتر در بین افراد خویشاوند می‌باشد. میزان Ne برآورد شده بین 5/84 (با حذف آلل هایی با فراوانی کمتر از 05/0 درصد) تا 6/139 (بدون حذف آلل‌ها) متغیر بود. نتایج این مطالعه نشان داد که وضعیت تنوع ژنتیکی این جمعیت در شرایط مطلوبی نبوده و برای حفظ این تنوع، می‌بایست برنامه‌های حفاظتی و تلاقی‌های کنترل شده اجرا گردد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

Achmann, R. Curik, I. Dovc, P. Kavar, T. Bodo, I. Habe, F. Marti, E. Sölkner, J. and Brem, G. (2004). Microsatellite diversity, population subdivision and gene flow in the Lipizzan horse. Animal genetics. 35 (4): 285-292. 
Amirinia, C. Seyedabadi, H. Banabazi, M.H. and Kamali, M.A. (2007). Bottleneck study and genetic structure of Iranian Caspian horse population using microsatellites. Pak. J. Biol. Sci. 10 (9): 1540-1543. 
Amjadi, M.A. Yeganeh, H.M. Sadeghi, M. Raza, S.H.A. Yang, J. Najafabadi, H.A. Batool, U. Shoorei, H. Abdelnour, S.A. and Ahmed, J.Z. (2021). Microsatellite analysis of genetic diversity and population structure of the Iranian Kurdish Horse. Journal of Equine Veterinary Science. 98: 103358. 
Botstein, D. White, R.L. Skolnick, M. and Davis, R.W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American journal of human genetics. 32 (3): 314. 
Brinsko, S.P. Blanchard, T.L. Varner, D.D. Schumacher, J. and Love, C.C. (2010). Manual of equine reproduction. Elsevier Health Sciences. 
Dimsoski, P. (2003). Development of a 17-plex microsatellite polymerase chain reaction kit for genotyping horses. Croatian medical journal. 44 (3): 332-335.
Do, C. Waples, R.S. Peel, D. Macbeth, G.M. Tillett, B.J. and Ovenden, J.R. (2014). NeEstimator v2: re-implementation of software for the estimation of contemporary effective population size (Ne ) from genetic data. Mol Ecol Resour. 14 (1): 209-214. doi.org/10.1111/1755-0998.12157
El Mousadik, A. and  Petit, R. (1996). High level of genetic differentiation for allelic richness among populations of the argan tree [Argania spinosa (L.) Skeels] endemic to Morocco. Theoretical and Applied Genetics. 92: 832-839. 
Falconer, D. and  Mackay, F. (1996). Introdutction to Quantitative Genetics  (Introdutction to Quantitative Genetics (pp. 464-464). 
Goudet, J. (2002). FSTAT, a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (version 2.9. 3.2). http://www. unil. ch/izea/softwares/fstat. html
Henson, E.L. (1992). In situ conservation of livestock and poultry. Food and Agriculture Organization of the United Nations Rome. 
Keller, M.C. Visscher, P.M. and Goddard, M.E. (2011). Quantification of inbreeding due to distant ancestors and its detection using dense single nucleotide polymorphism data. Genetics. 189 (1): 237-249. doi.org/10.1534/genetics.111.130922
Khanshour, A. Conant, E. Juras, R. and Cothran, E.G. (2013). Microsatellite analysis of genetic diversity and population structure of Arabian horse populations. Journal of Heredity. 104 (3): 386-398. 
Khanshour, A.M. Juras, R. and Cothran, E.G. (2013). Microsatellite analysis of genetic variability in Waler horses from Australia. Australian journal of zoology. 61 (5): 357-365. 
Machmoum, M. Boujenane, I. Azelhak, R. Badaoui, B. Petit, D. and Piro, M. (2020). Genetic diversity and population structure of Arabian horse populations using microsatellite markers. Journal of Equine Veterinary Science. 93: 103200. 
Meuwissen, T. (2009). Genetic management of small populations: A review. Acta Agriculturae Scandinavica, Section A — Animal Science. 59 (2): 71-79. doi.org/10.1080/09064700903118148
Mousavi, S.F. Razmkabir, M. Rostamzadeh, J. Seyedabadi, H.-R. Naboulsi, R. Petersen, J.L. and Lindgren, G. (2023). Genetic diversity and signatures of selection in four indigenous horse breeds of Iran. Heredity. 131 (2): 96-108. doi.org/10.1038/s41437-023-00624-7
Neaves, L.E. Eales, J. Whitlock, R. Hollingsworth, P.M. Burke, T. and Pullin, A.S. (2015). The fitness consequences of inbreeding in natural populations and their implications for species conservation – a systematic map. Environmental Evidence. 4 (1): 5. doi.org/10.1186/s13750-015-0031-x
Nei, M. (1987). Molecular evolutionary genetics. Columbia university press. 
Nei, M. Maruyama, T. and Chakraborty, R. (1975). The bottleneck effect and genetic variability in populations. Evolution: 1-10. 
Notter, D.R. (1999). The importance of genetic diversity in livestock populations of the future. Journal of Animal Science. 77 (1): 61-69. 
Raymond, M. and  Rousset, F. (1995). An exact test for population differentiation. Evolution: 1280-1283. 
Rousset, F. (2008). genepop’007: a complete re‐implementation of the genepop software for Windows and Linux. Mol Ecol Resour. 8 (1): 103-106. 
Scherf, B.D. (2000). World watch list for domestic animal diversity. Food and Agriculture Organization (FAO). 
Seyedabadi, H. Amirinia, S. BANA, B.M. and Emrani, H. (2006). Parentage verification of Iranian Caspian horse using microsatellites markers. Iranian journal of biotechnology 4 (4), 260-264.
Seyedsharifi, R. Badbarin, S. Khamisabadi, H. Hedayat, E.N. and SEIF, D.J. (2019). Study of Genetic Structure and Accuracy of Assignment of Individuals to Five Horse Populations using Microsatellite Markers. 
Shahsavarani, H. and  Rahimi-Mianji, G. (2010). Analysis of genetic diversity and estimation of inbreeding coefficient within Caspian horse population using microsatellite markers. African Journal of Biotechnology. 9 (3)
Van de Goor, L. Van Haeringen, W. and Lenstra, J. (2011). Population studies of 17 equine STR for forensic and phylogenetic analysis. Animal genetics. 42 (6): 627-633. 
Waples, R.S. and  Do, C. (2008). LDNE: a program for estimating effective population size from data on linkage disequilibrium. Mol Ecol Resour. 8 (4): 753-756. 
Wright, S. (1931). Evolution in Mendelian populations. Genetics. 16 (2): 97.