نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

• آزاده ترابی ¹
• زهرا رودباری ²

¹ موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

² گروه علوم دام- دانشکده کشاورزی- دانشگاه جیرفت- جیرفت-ایران

چکیده

تولید شیر به‌عنوان یکی از مهم‌ترین صفات اقتصادی در گاوهای شیری، نقش اساسی در سودآوری سیستم‌های دامپروری دارد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت مرتبط با تولید شیر در بین دو نژاد گاو شیری بود که بتوان مسیر‌ها و فعالیت‌های زیستی درگیر برای این صفت را شناسایی نمود. داده‌های ترانسکریپتوم مورد استفاده در مطالعه حاضر با شماره دسترسی GSE54790 از پایگاه دادهGEO دانلود شدند. ژن‌های با بیان متفاوت با استفاده از بسته limma در نرم‌افزار R شناسایی شدند و ژن‌های مشترک بین دو نژاد تعیین گردیدند. به‌منظور بررسی تعاملات پروتئین–پروتئین، ژن‌های مشترک در پایگاه داده STRING تحلیل شدند و مصورسازی شبکه، شناسایی ماژول‌ها و ژن‌های کلیدی با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape انجام گرفت. همچنین برای تجزیه مسیر و فرآیند‌های زیستی ژن‌های موجود در ماژول‌های معنی‌دار از نرم‌افزار DAVID استفاده شد. در مجموع 440 ژن در گاوهای هلشتاین-فریزین و 248 ژن در گاوهای قرمز لهستان بیان افتراقی معنی‌دار داشتند (p-value<0.05). نتایج نشان داد 3 ماژول معنی‌دار تشخیص داده شد که شامل ژن‌های هاب HP، THBS1، PTX3، CAV1 بودند. مهم‌ترین مسیر‌ها و فرآیندهای مرتبط با تولید شیر در این ماژول‌ها ساختار ماتریکس خارج سلولی، پاسخ به یون کلسیم،توسعه بافت پستان، پروتئولیز، چسبندگی کانونی، تعامل گیرنده ECM بودند. اطلاعات به‌دست‌آمده از ژن‌های هاب و مسیرهای کلیدی شناسایی‌شده می‌تواند به‌طور مستقیم برای توسعه نشانگرهای ژنتیکی و افزایش دقت انتخاب ژنومی به‌کار رود و در نتیجه انتخاب دام‌های با پتانسیل بالاتر تولید شیر را در برنامه‌های اصلاح نژادی امکان‌پذیر سازد.

کلیدواژه‌ها

• پروفایل بیانی
• بیان افتراقی
• تولید شیر
• مسیر‌های زیستی

موضوعات

• ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور