تجزیه و تحلیل مولکولی جمعیتی از مرغ لاری با استفاده از توالی ناحیه HVR-I ژنوم میتوکندری

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک واصلاح نژاد دام دانشگاه شهرکرد

2 دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد.

3 استاد گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد

چکیده

مرغ‌های بومی ایرانی مواد ژنتیکی پایه برای برنامه های اصلاح نژاد محسوب میشوند. انجام برنامه‌های اصلاح نژادی در گام نخست نیازمند شناسایی و حفظ تنوع ژنتیکی این جمعیت هاست. بررسی ژنوم میتوکندری در یک نژاد و مقایسه آن با سایر نژادها میتواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در جمعیت مورد بررسی را ارائه دهد. در مطالعه حاضر، به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی مرغان لاری ایران، تعداد 23 قطعه مرغ از منطقه لارستان فارس به‌عنوان نمونه آزمایشی انتخاب و پس از عمل خون‌گیری، استخراج دی‌ان‌ای انجام شد. بخش HVR-I ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و قطعات تکثیر شده پس از خالص سازی توالی یابی شدند. در کل تعداد 21 توالی با کیفیت بدست آمد که از این میان تعداد 5SNP شناسایی شد. از تجزیه و تحلیل توالی‌های بدست آمده تعداد 3 هاپلوتیپ بدست آمد که با کد دسترسی KF957610و KF957611 وkF957612 در بانک جهانی ژن ثبت گردید. پس از اخذ توالی‌های مشابه ژنوم میتوکندری دیگر نژادهای موجود در بانک ژن و مرغ مرندی و مازندرانی ایران درخت فیلوژنی مربوطه رسم گردید. نتایج فیلوژنی مشخص کرد که مرغان بومی لاری ایران به احتمال زیاد واجد برخی شباهت‌های ژنتیکی با مرغ مرندی، مازندرانی، مرغ بومی کشور آذربایجان، پلیموت راک پرخط‌دار، مرغ ابریشمی و مرغ جنگلی خاکستری می‌باشد.

کلیدواژه‌ها


پیرانی، ن. محمد هاشمی، آ. علیجانی، ص. رضازاده گلی، ر. و قنبری، ص. (1388). تجزیه و تحلیل ملکولی جمعیتی از  مرغ بومی مازندران با استفاده از توالی ناحیه HVR-I ژنوم میتوکندری. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی جلد. 1 صفحه ۵۳ تا ۶۶.
محمدی پسته بیگ، ف. پیرانی، ن. شجاع، ج. و محمد هاشمی آ. (1390). تعیین توالی بخش HVS-I  ناحیهD-loop ژنوم میتوکندری جمعیتی از مرغ بومی مرندی و ترسیم رابطه فیلوژنی آن با سایر مرغان اهلی. نشریه پژوهش های علوم دامی.جلد 21 صفحه ۱ تا ۹.
لطفی پور، م.ص. و رحیمیان، آ. (1392). مبانی پرورش نیمه صنعتی و شناخت مرغ و خروس لاری. چاپ اول، انتشارات کاج طلایی، صفحه ۱۴ تا ۴۲.
Adebambo, A.O., Alabu, V., Mwacharo, J., Oladejo M., Adewale, M., Ilori, R., Makanjuola, L., Afolayan, B., Bjornstad, O., Jianlin, H. and Hanotte, O. (2009). Lack of phylogeographic structure in Nigerian village chickens revealed by Mitochondrial DNA D-loop sequence analysis. Poultry Science, 9:503-507.
Anderson, S.A.T., Bankier, G., Barrell, M., Bruijn, A., Couson, J., Drouin, I., Nierlich, B., Roe, F. and Sanger, P.H. (1981). Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature, 290:457-465.
Bailes, S.M., Devers, J.J., Kirby, J.D. and Rhoads, D.D. (2007). An expensive, simple protocol for DNA isolation from blood from blood for high-throughput genotyping by polymerase chain reaction or restriction endonuclease digestion. Poultry Science, 86:102-106.
Cuc, N.T.K., Simianer H., Groeneveld, L.F. and Weigend, S. (2011). Multiple maternal lineages of Vietnamese local chickens inferred by mitochondrial DNA D-loop sequences. Asian-Australian Journal of Animal Sciences, 24:155-161.
Ceccobelli, S. and Lorenzo, P.D. (2013). Phylogeny, genetic relationships and population structure of five Italian local chicken breeds. Italian Journal of Animal Science, 12:410-415.
Desjardins, P. and Morais, R. (1990). Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates. Journal of Molecular Biology, 212:595-634.
Excoffier, L., Laval G and Schneider, S. (2005). Arlequin version 3.0: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics (Online), 1:47-50.
Fumihito, A., Miyake, T., Sumi, S., Takada, M., Ohno, S. and Kondo, N. (1994). On subspecies of the red jungle fowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic  breeds. National Academy of Sciences of the United States of American, 91:12505-12509.
Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment and analysis program for windows 95/98 NT. Nucleic acids symposium series 4:95-98.
Hallerman, E.M. (2003). Population Genetics: Principles and application for fisheries scientists. American Fisheries Society, Bethesda, USA.
Muchadeyi, F.C., Edind, H., Woollny CBA., Groenereld, E. and Weigend, S (2008). Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village. Animal Genetics, 39:615-622.
National Center for Biotechnology Information (NCBI) [Internet]. 1980. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; [1988] – [cited 2010 Apr 06]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary Genetics. Columbia university press, New York.
Oka, T.Y., Nomura, K., Kawashima, S., Kuwayama, T., Hanada, H., Amano, T., Takadam, M., Takahata, N.,Hayashi, Y. and Akishinonomiya, F. (2007). Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Animal Genetics, 38:287–293.
Silva, P., Guan, X., Ho-Shing, O., Jones, J., Xu, J., Hui, D., Notter, D. and Smith, E. (2008). Mitochondrial DNA-based analysis of genetic variation and relatedness among Sri- Lankan indigenous chickens and the Ceylon jungle fowl (Gallus lafayetti). Animal Genetics, 40:1–9.
Sultana, S. and Mannen, H. (2004). Polymorphism and evolutionary profile of mitochondrial DNA control region inferred from the sequences of Pakistani goats. Animal Science, 75:303-309.
Tamura, K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M. and Kumar S. (2011). MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution, 28(10):2731-2739.
Wallce, D.C. (1992). Mitochondrial genetics a paradigm for aging and degenerative diseases. Science, 256:628-632.
Yacoub, H.A. and Fathi, M.M. (2013). Phylogenetic analysis using D-loop marker of mtDNA of Saudi native chicken strains. Animal Science Journal, 44:5-6.