ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
داودعلی ساقی؛ حمید رضا بهمنی؛ راضیه ساقی
چکیده
هدف از انجام این تحقیق بررسی وضعیت موجود و برآورد احتمال انقراض نژاد در معرض خطرگوسفند قرهگل در کشور ایران بود. به همین منظور، دادههای جمعیتی و فراسنجههای مورد نیاز از گلههای گوسفند قرهگل و منابع موجود درسالهای اجرای پروژه جمعآوری شدند. دو سناریوی دینامیک گذشته وآینده جمعیت با فرض ادامه شرایط موجود در زیستگاه گوسفند قرهگل، ...
بیشتر
هدف از انجام این تحقیق بررسی وضعیت موجود و برآورد احتمال انقراض نژاد در معرض خطرگوسفند قرهگل در کشور ایران بود. به همین منظور، دادههای جمعیتی و فراسنجههای مورد نیاز از گلههای گوسفند قرهگل و منابع موجود درسالهای اجرای پروژه جمعآوری شدند. دو سناریوی دینامیک گذشته وآینده جمعیت با فرض ادامه شرایط موجود در زیستگاه گوسفند قرهگل، با استفاده از روش تجزیه و تحلیل حیاتی جمعیت (PVA) و نسخه دهم نرم افزار VORTEX شبیهسازی شدند. شبیهسازی دینامیک جمعیت در گذشته با استفاده از فراسنجههای زیستی و فرضیات مورد استفاده، دینامیک واقعی جمعیت در گذشته را تقلید کرد. شبیه سازی دینامیک جمعیت در آینده نشان داد که با تداوم شرایط موجود، روند افزایش همخونی و کاهش تنوع ژنتیکی جمعیت مورد بررسی ادامه یافته و احتمال انقراض گوسفند قرهگل در منطقه از سال 1438 امکانپذیر بوده و متوسط زمانیکه به اولین انقراض این نژاد درمنطقه باقیمانده 47/4 ± 08/51 سال برآورد شد. بر اساس نتایج تجزیه و تحلیل حساسیت فراسنجهها، حذف میشهای بالغ بیش از حذف معمول سالانه، فراوانی محدودیت غذایی و استفاده از نژادهای دیگر در جفتگیری، بیشترین اثر را بر معیارهای حیاتی در شبیه سازی آینده جمعیت داشتند که عمدتاً دلیل اقتصادی دارند.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
زهرا رودباری؛ سعیده اسکندری نسب سیاهکوهی
چکیده
پشم گوسفند یک ماده خام بسیار مهم برای صنعت نساجی است. از آنجایی که قطر الیاف یکی از مهمترین ویژگیهای اقتصادی پشم گوسفند است، شناسایی ژنهای تنظیمکننده این ویژگی فرصتی را برای افزایش بهرهوری و بهبود کیفیت و تنوع محصول ارائه میدهد. پژوهشهای مختلفی صورت گرفته و ژنهای مختلفی در رابطه با الیاف تولیدی شناسایی شده است. هر ژن ممکن ...
بیشتر
پشم گوسفند یک ماده خام بسیار مهم برای صنعت نساجی است. از آنجایی که قطر الیاف یکی از مهمترین ویژگیهای اقتصادی پشم گوسفند است، شناسایی ژنهای تنظیمکننده این ویژگی فرصتی را برای افزایش بهرهوری و بهبود کیفیت و تنوع محصول ارائه میدهد. پژوهشهای مختلفی صورت گرفته و ژنهای مختلفی در رابطه با الیاف تولیدی شناسایی شده است. هر ژن ممکن است در مسیرهای زیستی مختلفی دخیل باشد که شناسایی این مسیرهای زیستی و ژنها تشکیل دهنده آن دیدگاه وسیعتر و فهم کاملتری در مورد مکانیسم ژنتیکی پیچیده صفات تولیدی ایجاد می کند که میتواند از طریق شناسایی نشانگرهای زیستی برای صفات تولیدی قدم مفیدی در جهت بهبود اصلاح نژاد باشد. دادههای مورد استفاده در این پژوهش از پایگاه دادهای GEO با شماره دسترسی GSE85844 دانلود شدند و به منظور سنجش کیفیت و یک دست بودن مورد بررسی قرار گرفتند. جهت شناسایی ژنها با بیان متفاوت حد آستانهای در نظر گرفته شده که شامل P-value و Fold Change میباشد. جهت ترسیم شبکه و آنالیز هستیشناسی از نرمافزارString و آنالیز شبکه از نرمافزار Cytoscape افزونه cytoHubba استفاده شد. در مجموع 702 ژن با بیان متفاوت شناسایی شد که در 37 مسیربیولوژیکی مرتبط با تولید فولیکولهای پشم دخیل هستند. نتایج آنالیز شبکه 11 ژن بزرگ اثر را شناسایی کرد که بر رشد و قطر پشم تاثیر دارند. این نتایج منابع ارزشمندی را برای افزایش کیفیت و تولید پشم گوسفند فراهم می کند.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
مجید شکوهمند؛ حسین محمدی؛ امیر حسین خلت ابادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
چکیده
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفات ساختاری بدن در برخی از نژادهای بز از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر بود که با تراشههای 50K بز تعیین ژنوتیپ شده بودند. بدین منظور برای هر دام، پنج صفت شامل ارتفاع قد از جدوگاه، دور سینه، طول بدن، عمق سینه و طول استخوان شرمگاهی رکورد جمعآوری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات مورد بررسی ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفات ساختاری بدن در برخی از نژادهای بز از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر بود که با تراشههای 50K بز تعیین ژنوتیپ شده بودند. بدین منظور برای هر دام، پنج صفت شامل ارتفاع قد از جدوگاه، دور سینه، طول بدن، عمق سینه و طول استخوان شرمگاهی رکورد جمعآوری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات مورد بررسی در نرمافزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژن-های معنیداری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی با برنامه KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی انجام شد. در این پژوهش مناطق ژنومی معنیدار مرتبط با صفات ساختاری بدن روی کروموزومهای 1، 4، 5، 6، 10، 11، 16، 17، 22 و 27 شناسایی شدند. ژنهای PDE5A،WDR1، ATF3، SIPA1L1، TMTC2،CHCHD3 ، SHROOM2، TBPL2، ADIPOQ، ASAH1 و LRPPRC با صفات ساختاری بدن مرتبط بودند، در این مناطق قرار داشتند. بوسیله تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 18 مسیر مرتبط شناسایی شد. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده نقش مهمی در ارتباط با سنتز کلاژن، فرآیند استخوانسازی، رشد عضلات اسکلتی و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. نتایج این تحقیق میتواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات ساختاری بدن مورد استفاده قرار گیرد و با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی بز مفید باشد.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
مهتاب عزیزی؛ حسین نعیمی پور؛ سید همایون فرهنگ فر؛ مسلم باشتنی
چکیده
برای مقایسهی شبکه عصبی مصنوعی و برخی توابع ریاضی در پیشبینی منحنی شیردهی، از تعداد 1085525 رکورد شیر روز آزمون گاوهای شیری هلشتاین زایش اوّل استفاده گردید که توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور طیّ سالهای 1391-1362 جمعآوری شده بود. برازش منحنی شیردهی، با استفاده از بسته نرمافزاری brnn (برای شبکه عصبی مصنوعی) ...
بیشتر
برای مقایسهی شبکه عصبی مصنوعی و برخی توابع ریاضی در پیشبینی منحنی شیردهی، از تعداد 1085525 رکورد شیر روز آزمون گاوهای شیری هلشتاین زایش اوّل استفاده گردید که توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور طیّ سالهای 1391-1362 جمعآوری شده بود. برازش منحنی شیردهی، با استفاده از بسته نرمافزاری brnn (برای شبکه عصبی مصنوعی) و برخی توابع ریاضی با تابع nls در نرمافزار R اجرا شد. ویرایش دادهها با نرمافزار SAS انجام شد. از معیارهای اطلاعات آکائیک، اطلاعات بیزی، میانگین مربعات خطا و ضریب تبیین تعدیل شده، برای ارزیابی نیکویی برازش استفاده شد. شبکهی عصبی مصنوعی با تنظیم بیزی (brnn) و توابع ریاضی وود، ویلمینک، علی - شفر و پلوت - گوتوین در پیشبینی منحنی شیردهی برای صفات تولید شیر، درصد چربی و پروتئین شیر به کار گرفته شدند. نتایج نشان داد brnn در همهی صفات مورد بررسی (تولید شیر، درصد چربی و پروتئین شیر) نسبت به توابع ریاضی غیرخطی، برازش بهتری از شکل منحنی استاندارد گاوهای هلشتاین ایران دارد. در بین توابع ریاضی بررسی شده، برای صفت تولید شیر، مدل ویلمینک، و برای درصد چربیشیر و درصد پروتئین شیر، مدل علی – شفر برازش بهتری داشت. استفاده از شبکه های عصبی مصنوعی بیزی برای توصیف منحنی شیردهی و ترکیبات شیر در گاوهای هلشتاین ایران توصیه می گردد.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
ارسلان برازنده
چکیده
پژوهش کنونی با هدف استفاده از فراتحلیل برای برآورد میانگین وزنی پارامترهای ژنتیکی صفات طول، قطر و درصد الیاف کرک با ادغام نتایج مطالعات پیشین جهت نیل به نتایجی با صحت بالاتر انجام گرفت. به این منظور از اطلاعات 14 مقاله مرتبط منتشر شده طی سالهای 1367 تا 1400 استفاده شد. مدل فراتحلیل با اثرات تصادفی برای تخمین پارامترهای ژنتیکی، اشتباه ...
بیشتر
پژوهش کنونی با هدف استفاده از فراتحلیل برای برآورد میانگین وزنی پارامترهای ژنتیکی صفات طول، قطر و درصد الیاف کرک با ادغام نتایج مطالعات پیشین جهت نیل به نتایجی با صحت بالاتر انجام گرفت. به این منظور از اطلاعات 14 مقاله مرتبط منتشر شده طی سالهای 1367 تا 1400 استفاده شد. مدل فراتحلیل با اثرات تصادفی برای تخمین پارامترهای ژنتیکی، اشتباه استاندارد و فاصله اطمینان 95 درصدی صفات با استفاده از بسته Metafor در نرم افزار R بکار گرفته شد. مقدار میانگین وزنی ضریب وراثتپذیری صفات طول، قطر و درصد الیاف کرک به ترتیب 047/0 ± 24/0، 053/0 ± 42/0 و 103/0± 60/0 محاسبه گردید. نتایج بیانگر آن است که صفات مرتبط با الیاف کرک در بزهای کرکی وراثتپذیریهای بالا دارند و بنابراین انتخاب ژنتیکی مستقیم و گزینش افراد با شایستگی مطلوب میتواند باعث بهبود عملکرد این صفات گردد. بالاترین مقدار همبستگی ژنتیکی و فنوتیپی بین درصد الیاف کرک و طول الیاف کرک (84/0و 54/0) و کمترین همبستگی ژنتیکی و فنوتیپی بین صفت درصد الیاف کرک و صفت قطر الیاف کرک (38/0و 35/0) به دست آمد. کاهش شدید اشتباه استاندارد تخمین وراثتپذیری صفات در روش فراتحلیل در نتیجه تجمیع نتایج و افزایش حجم نمونه نشان دهنده افزایش صحت تخمین نتایج است. پارامترهای ژنتیکی برآورد شده میتوانند در توسعه برنامههای اصلاحی مرتبط با بهبود صفات الیاف کرک در بزهای کرکی استفاده شود. لذا نتایج حاصل از فراتحلیل میتواند موجب توسعه برنامههای اصلاحنژادی به ویژه در نژادهایی با تعداد رکورد ناکافی، گردد.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
ندا فرزین؛ مهلا عجم؛ ابوالقاسم سراج
چکیده
هدف تحقیق حاضر بررسی اثر ژنتیکی افزایشی بر صفات وزن تخم، وزن زرده و میزان اسیدهای چرب زرده و برآورد توارثپذیری این صفات بود. در این پژوهش، از 150 بلدرچین ژاپنی سفید (شامل 50 نر و 100ماده) به عنوان نسل مولد یا پایه (فاقد هرگونه اطلاعات شجرهای) استفاده شد. در نسل F2، 100 بلدرچین ماده در سن 5 هفتگی، به طور تصادفی انتخاب شدند و به قفسهای تخمگذاری ...
بیشتر
هدف تحقیق حاضر بررسی اثر ژنتیکی افزایشی بر صفات وزن تخم، وزن زرده و میزان اسیدهای چرب زرده و برآورد توارثپذیری این صفات بود. در این پژوهش، از 150 بلدرچین ژاپنی سفید (شامل 50 نر و 100ماده) به عنوان نسل مولد یا پایه (فاقد هرگونه اطلاعات شجرهای) استفاده شد. در نسل F2، 100 بلدرچین ماده در سن 5 هفتگی، به طور تصادفی انتخاب شدند و به قفسهای تخمگذاری انتقال یافتند. صفات مورد مطالعه شامل وزن تخم، وزن زرده و میزان اسیدهای چرب زرده بود. مولفههای واریانس و کوواریانس و پارامترهای ژنتیکی صفات با استفاده از مدل حیوانی چندصفتی و نرمافزار Wombat برآورد گردید. وراثتپذیری وزن تخم و وزن زرده به ترتیب 45/0 و 38/0 محاسبه شد. این برآوردها برای اسیدهای چرب زرده از 27/0 (اسید پالمیتولئیک) تا 45/0 (اسید پالمتیک) متغیر بود. همبستگی ژنتیکی بین وزن تخم و اسیدهای چرب زرده، کم و از 01/0 (بین وزن تخم و اسید لینولئیک) تا 10/0 (بین وزن تخم و اسید استئاریک) بود. همبستگی ژنتیکی وزن زرده و مقدار اسیدهای چرب بیشتر و در دامنهای از 10/0 (بین وزن زرده و اسید لینولنیک) تا 51/0 (بین وزن زرده و اسید استئاریک) بود. براساس این نتایج میتوان پیشبینی کرد که انتخاب ژنتیکی در جهت افزایش وزن زرده تخم در بلدرچین، منجر به افزایش مقدار اسیدهای چرب زرده شود.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
رمضانعلی عزیزی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ حسین مرادی؛ حسین محمدی؛ حسینعلی قاسمی
چکیده
بهمنظور بهرهگیری از نتایج تحقیقات مرتبط با مطالعات پویش کل ژنومی (GWAS) و استفاده از آن در جهت ترسیم شبکههای تنظیم ژنی، مطالعات جدیدی در حال انجام میباشد که مبنای آن استفاده از الگوریتمهای ماتریس AWM است (Reverter و Fortes، 2013). در مطالعه حاضر، شبکههای ژنی از طریق الگوریتمهای ماتریسAWM -PCIT و ارتباط SNPها با فنوتیپهای تولید و ترکیبات ...
بیشتر
بهمنظور بهرهگیری از نتایج تحقیقات مرتبط با مطالعات پویش کل ژنومی (GWAS) و استفاده از آن در جهت ترسیم شبکههای تنظیم ژنی، مطالعات جدیدی در حال انجام میباشد که مبنای آن استفاده از الگوریتمهای ماتریس AWM است (Reverter و Fortes، 2013). در مطالعه حاضر، شبکههای ژنی از طریق الگوریتمهای ماتریسAWM -PCIT و ارتباط SNPها با فنوتیپهای تولید و ترکیبات شیر گوسفند ترسیم شد. بدین منظور از دادههای تولید و ترکیبات شیر 469 رأس میش نژاد Valle del Belice و اطلاعات ژنوتیپی 37228 SNP استفاده شد. دادههای فنوتیپی شامل 5328 رکورد روز آزمایش برای 6 صفت تولید شیر (مقدار تولید، میزان و درصد چربی، میزان و درصد پروتئین و تعداد سلولهای بدنی شیر) بود و شبکه تنظیم ژنی با استفاده از برنامه cytoscape رسم شد. نتایج نشان داد که استفاده از الگوریتمهای AWM-PCIT از بین ژنهای شناسایی موجود، که در ارتباط مستقیم و غیرمستقیم با صفات مرتبط با شیر بودند ژنهای OSBPL3، ERBB4، VGLL4، BAZ1A، DDX25، CDH23، ITSN2، DPY30، FAT3 و CAPN10 شناسایی شدند. نتایج مطالعه حاضر و سایر مطالعات نشان داد که فرآیند پیچیده تولید و ترکیبات شیر تحت تأثیر شبکه تنظیم ژنی بیش از 10 ژن مهم و ارتباط با تعداد زیادی از ژنهای دیگرقرار دارد و با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینهی پویش ژنومی صفات تولید و ترکیبات شیر، و شناسایی مناطق ژنومی جدید مرتبط با این صفات، استفاده از یافتههای این تحقیق، میتواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند مفید باشد.
ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
حسین مرادی شهر بابک؛ پریسا بیابانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ مهدی مخبر
چکیده
در مطالعهی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیختههای بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرمافزار Plink انجام شد. به-طوریکه جایگاهها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدسترفته، ...
بیشتر
در مطالعهی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیختههای بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرمافزار Plink انجام شد. به-طوریکه جایگاهها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدسترفته، نشانگرهای SNP با MAF کمتر از 1 درصد و نیز نشانگرهای SNP که بر اساس تصحیح بنفرونی خارج از تعادل هاردی – واینبرگ بودند، حذف شدند. درنهایت تعداد 509 رأس حیوان با تعداد 13512 نشانگر SNP برای مطالعات ساختار جمعیت مورداستفاده قرار گرفت. بررسی و شناسایی گروههای ژنتیکی با استفاده از آنالیز تحلیل مؤلفههای اصلی (PCA) و توسط پکیج آماری GenABEL انجام شد. اطلاعات مربوط به آنالیز PCA و اختلاط جمعیتی نشان داد که جمعیتهای موردمطالعه در چهار گروه مجزا شامل گاوهای سرابی خالص در گروه اول، آمیختههای بومی شمال غرب کشور در گروه دوم، جمعیتهای اصیل هلشتاین در گروه سوم و نژادهای بومی ایران در گروه چهارم قرار دارند. همچنین نتایج آنالیز شاخص تمایز جمعیتی (FST) نشاندهنده دامنهی وسیعی از تمایز بین جمعیتها از 180/0 بین نژادهای سیستانی و کردی تا 007/0 و 004/0 در بین نژادهای هلشتاین ایران و ایرلند با هلشتاین فرانسه بود. بررسی تمایز جمعیتی دامهای بومی با هلشتاین اصیل حاکی از آن بود که نژاد سیستانی بالاترین تمایز را با نژادهای مختلف هلشتاین (128/0 تا 138/0) دارد و با اختلاف اندک نسبت به سایر نژادها، نژاد کردی و مازندرانی کمترین تمایز ژنتیکی را با جمعیتهای هلشتاین موردمطالعه داشتند.