ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
حسین مرادی شهر بابک؛ پریسا بیابانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ مهدی مخبر
چکیده
در مطالعه‌ی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرم‌افزار Plink انجام شد. به-طوری‌که جایگاهها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدست‌رفته، ...
بیشتر
در مطالعه‌ی حاضر، از اطلاعات ژنومی 590 رأس گاو شامل گاوهای بومی سرابی، کرمانی، کردی، تالشی، سیستانی، نجدی، مازندرانی و توده نژادی پارس، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور، هلشتاین ایران، هلشتاین فرانسه و هلشتاین ایرلند استفاده شد.کنترل کیفی با استفاده از نرم‌افزار Plink انجام شد. به-طوری‌که جایگاهها و افراد با بیش از 5 درصد ژنوتیپ ازدست‌رفته، نشانگرهای SNP با MAF کمتر از 1 درصد و نیز نشانگرهای SNP که بر اساس تصحیح بنفرونی خارج از تعادل هاردی – واینبرگ بودند، حذف شدند. درنهایت تعداد 509 رأس حیوان با تعداد 13512 نشانگر SNP برای مطالعات ساختار جمعیت مورداستفاده قرار گرفت. بررسی و شناسایی گروه‌های ژنتیکی با استفاده از آنالیز تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و توسط پکیج آماری GenABEL انجام شد. اطلاعات مربوط به آنالیز PCA و اختلاط جمعیتی نشان داد که جمعیت‌های موردمطالعه در چهار گروه مجزا شامل گاوهای سرابی خالص در گروه اول، آمیخته‌های بومی شمال غرب کشور در گروه دوم، جمعیت‌های اصیل هلشتاین در گروه سوم و نژادهای بومی ایران در گروه چهارم قرار دارند. همچنین نتایج آنالیز شاخص تمایز جمعیتی (FST) نشان‌دهنده دامنه‌ی وسیعی از تمایز بین جمعیت‌ها از 180/0 بین نژادهای سیستانی و کردی تا 007/0 و 004/0 در بین نژادهای هلشتاین ایران و ایرلند با هلشتاین فرانسه بود. بررسی تمایز جمعیتی دام‌های بومی با هلشتاین اصیل حاکی از آن بود که نژاد سیستانی بالاترین تمایز را با نژادهای مختلف هلشتاین (128/0 تا 138/0) دارد و با اختلاف اندک نسبت به سایر نژادها، نژاد کردی و مازندرانی کمترین تمایز ژنتیکی را با جمعیت‌های هلشتاین موردمطالعه داشتند.
مریم آرین فر؛ محمد رکوعی؛ غلامرضا داشاب؛ هادی فرجی آروق
چکیده
هدف از این مطالعه، برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات منحنی شیردهی (تولید اولیه، نرخ رسیدن به اوج تولید، پارامتر مرتبط با حداکثر تولید، تغییرات شیب منحنی بعد از رسیدن به اوج تولید، زمان رسیدن به اوج تولید، مقدار تولید در اوج، تداوم شیردهی) برازش داده شده توسط تابع روک و تأثیر هم‌خونی بر این پارامترها برای گاوهای هلشتاین ایران بود. بدین ...
بیشتر
هدف از این مطالعه، برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات منحنی شیردهی (تولید اولیه، نرخ رسیدن به اوج تولید، پارامتر مرتبط با حداکثر تولید، تغییرات شیب منحنی بعد از رسیدن به اوج تولید، زمان رسیدن به اوج تولید، مقدار تولید در اوج، تداوم شیردهی) برازش داده شده توسط تابع روک و تأثیر هم‌خونی بر این پارامترها برای گاوهای هلشتاین ایران بود. بدین منظور از رکوردهای روزآزمون تولید شیر مربوط به سه دورۀ شیردهی اول که بین سالهای 1362 تا 1396 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده گردید. پارامترهای تابع روک برای همه حیوانات محاسبه شد و از روی پارامترهای منحنی، زمان و مقدار تولید در اوج و تداوم شیردهی محاسبه گردید. برآورد مؤلفه‌های واریانس و پارامترهای ژنتیکی صفات با استفاده از تجزیه و تحلیل تک صفتی و دوصفتی توسط روش نمونه‌گیری گیبس با استفاده از نرم افزار Gibbs3f90 انجام شد. اثر هم‌خونی روی بیشتر صفات منحنی به خصوص صفاتی که وراثت‌پذیری بالاتری داشتند، منفی بود و همچنین سبب افت تداوم تولید شیر شد. دامنۀ وراثت‌پذیری صفات مزبور از 0003/0 تا 086/0 متغیر بوده و بیشترین میزان وراثت‌پذیری مربوط به صفات تداوم شیردهی (086/0) در شکم دوم زایش و مقدار تولید در اوج شیردهی (067/0) در شکم سوم زایش بود. به طور کلی، پارامترهای منحنی شیردهی وراثت‌پذیری پایینی داشتند؛ بنابراین انتخاب ژنتیکی برای این صفات در کوتاه مدت نتایج مطلوبی را نشان نخواهد داد و تغییر در شرایط محیطی و مدیریتی برای بهبود این صفات تأثیرگذارتر خواهد بود
هاجر رضاخانی نژاد؛ غلامرضا داشاب؛ مهدی وفای واله
چکیده
اسید چرب سنتتاز (FASN)، یک پروتئین چندعاملی است که سنتز اسیدهای چرب را انجام می‌دهد، توسط ژن FASN رمزگذاری می‌شود و یکی از ژن‌های کاندیدای عمده شناخته شده است که نقش اصلی در بازسازی سنتز چربی‌ها در پستانداران ایفا می‌کند. این مطالعه به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ژن FASN و کاوش ارتباط آنها با سه صفت اقتصادی مهم شامل تولید ...
بیشتر
اسید چرب سنتتاز (FASN)، یک پروتئین چندعاملی است که سنتز اسیدهای چرب را انجام می‌دهد، توسط ژن FASN رمزگذاری می‌شود و یکی از ژن‌های کاندیدای عمده شناخته شده است که نقش اصلی در بازسازی سنتز چربی‌ها در پستانداران ایفا می‌کند. این مطالعه به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ژن FASN و کاوش ارتباط آنها با سه صفت اقتصادی مهم شامل تولید شیر (M)، فاصله گوساله‌زایی (CI) و نرخ آبستنی (CR) در گاوهای هلشتاین استان کرمان انجام شد. نمونه‌های خون کامل مربوط به ۳۸ رأس گاو شیری هلشتاین با ارزش‌های اصلاحی برآورد شده بالا و پایین جمع‌آوری شد. DNA ژنومی از نمونه‌های خون گاو با استفاده از کیت استخراج DNA ژنومی بر اساس دستورالعمل شرکت سازنده استخراج شد. مواد ژنتیکی برای تکثیر قطعه ژن انتخابی (به طول ۷۵۰ جفت باز از اگزون ۳۷ تا ۳۹) با واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز استفاده شد. متعاقباً تمام قطعات تکثیری مستقیماً برای توالی‌یابی استفاده شدند. در ادامه تجزیه توالی‌های هدف با رگرسیون چندگانه اثرات متوسط جایگزینی آللی بر صفات تولید شیر، فاصله گوساله‌زایی و نرخ آبستنی ۵۸ نشانگر SNP را نمایان ساخت که از بین آنها هشت SNPs به طور کلی با صفات تولیدی و تولید مثلی مرتبط بودند. تولید شیر، فاصله گوساله‌زایی و نرخ آبستنی به ترتیب با سه (g.16593A>G, g.16670C>A, g.16776C>T)، سه (g.16524G,C,T>A, g.16830G,C,T>A, g.16833A,T>G) و دو (g.16594A,C>G and g.16811A,T>G) SNPs ارتباط معنی‌دار داشتند (۰۵/۰P<). ارتباط چندشکلی جایگاه ژن FASN با صفات می‌تواند به‌عنوان نشانگر مولکولی در تعیین شایستگی ژنتیکی دام‌ها و همچنین راهبردهای اصلاح نژادی در جمعیت گاوهای هلشتاین مورد استفاده قرار گیرد.
مریم کرمی؛ سید عباس رأفت؛ غلامعلی مقدم؛ جلیل شجاع غیاث؛ آرش جوانمرد
چکیده
با استفاده از برنامه های اصلاح ژنتیکی می توان مقاومت نسبت به بیماری ها را در حیوانات افزایش داد. درانتخاب ژنتیکی علیه بیماری ورم پستان در گاوهای شیری از چندشکلی ژن کاندیدا استفاده می شود. چندشکلی ژن کاندیدا برای یافتن ارتباط میان SNP با فنوتیپ حیوان و به ویژه استفاده از آن در برنامه انتخاب به کمک نشانگر است. بدین منظور وجود چندشکلی اگزون ...
بیشتر
با استفاده از برنامه های اصلاح ژنتیکی می توان مقاومت نسبت به بیماری ها را در حیوانات افزایش داد. درانتخاب ژنتیکی علیه بیماری ورم پستان در گاوهای شیری از چندشکلی ژن کاندیدا استفاده می شود. چندشکلی ژن کاندیدا برای یافتن ارتباط میان SNP با فنوتیپ حیوان و به ویژه استفاده از آن در برنامه انتخاب به کمک نشانگر است. بدین منظور وجود چندشکلی اگزون 9ژن BRCA1 در 60 نمونه از گاوهای هلشتاین ایرانی با استفاده از روش PCR-RFLP بررسی شد که سه آلل مختلف در این بررسی شناسایی شدند. چندشکلی در جایگاه 46126+ از ژن BRCA1 با جهش G-A آشکار شد. فراوانی های ژنوتیپی به ترتیب برای سه نوع ترکیب ژنی بانامگذاری KK، KL وLL معادل 27/0، 43/0 و30/0 و دو آللی K وL برابر 48/0 و52/0 بدست آمد. برای مطالعه ارتباط ژنوتیپ و رکوردهای حاصل از شمارش سلول های بدنی از رویه GLMو رگرسیون لجستیک استفاده شد. افراد دارای ژنوتیپ KK به طور معنی داری نسبت به دو ژنوتیپ دیگر میزان سلول های بدنی کمتری داشتند. نتایج نشان داد که جایگاه مورد نظر در ژن BRCA1 به عنوان یک ژن مؤثر در مقاومت به ورم پستان می تواند در استراتژی های انتخاب به کمک نشانگر مورد استفاده قرار گیرد. چنین به نظر می رسد استفاده از تعداد نمونه بیشتر و بررسی ژن های کاندیدای دیگر می تواند برای دست یافتن به آزمونی با دقت بالاتر برای شناسایی حیوانات حساس و مقاوم به ورم پستان مؤثر باشد.
جمشید احسانی نیا؛ نوید قوی حسین زاده؛ عبدالاحد شادپرور
چکیده
هدف از مطالعه حاضر، بررسی ناهمگنی اجزای واریانس مقدار پروتئین شیر در سه شکم زایش اول گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از رکوردهای جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی طی سالهای 1362 تا 1392بود. مجموعه داده‌ها به ترتیب شامل 141670، 115395 و 82529 رکورد در دوره‌های شیردهی اول، دوم و سوم بودند. داده‌ها با استفاده از روش دومارتن ...
بیشتر
هدف از مطالعه حاضر، بررسی ناهمگنی اجزای واریانس مقدار پروتئین شیر در سه شکم زایش اول گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از رکوردهای جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی طی سالهای 1362 تا 1392بود. مجموعه داده‌ها به ترتیب شامل 141670، 115395 و 82529 رکورد در دوره‌های شیردهی اول، دوم و سوم بودند. داده‌ها با استفاده از روش دومارتن به سه دسته مدیترانه‌ای، خشک بیابانی و مرطوب دسته‌بندی شدند. ناهمگنی واریانس‌ها با آزمون بارتلت بررسی شد. نتایج آزمون بارتلت قبل از تبدیل داده‌ها در سه دوره شیردهی معنی‌دار (0001/0p<) بود که بیانگر ناهمگن بودن واریانس‌ها در هر سه منطقه آب و هوایی میباشد. به منظور کاهش یا رفع احتمالی ناهمگنی واریانس‌ها از روش‌های تبدیل لگاریتمی، جذری و باکس-کاکس استفاده شد که روش تبدیل جذری در دوره شیردهی سوم منجر به همگن شدن واریانس‌ها شد. پارامترهای ژنتیکی، وراثت‌پذیری و اجزای واریانس با استفاده از نرم افزار VCE برآورد شدند. مدل شامل اثرات ژنتیکی افزایشی حیوان، گله-سال-فصل و سن زایش بود. برآوردهای وراثت‌پذیری قبل از تبدیل بین 19/0-15/0 و پس از تبدیل بین 20/0-12/0 تغییر کرد. تبدیل جذری باعث شد به ترتیب 88/6 و 66/42% گاوهای نر و ماده ممتاز از فهرست معمولی خارج شوند. نتایج این مطالعه نشان داد که اجزای واریانس مقدار پروتئین شیر در گاوهای هلشتاین ناهمگن است. بنابراین پیشنهاد می‌شود اثر ناهمگنی واریانس در زمان ارزیابی ژنتیکی و انتخاب گاوهای نر و ماده برتر در نظر گرفته شود.
محمدحسین بناءبازی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ ایخیده ایمیومورین؛ مصطفی قادری زفره ای؛ سید رضا میرایی آشتیانی
چکیده
چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهم‌ترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شده‌اند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ...
بیشتر
چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهم‌ترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شده‌اند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر بوده و در نهایت به یک فرآورده پروتئینی ترجمه و بیان می شوند، احتمالا SNP های موجود در این مناطق نیز بهتر می توانند ارزش اصلاحی ژنومی را برآورد کنند. بر اساس این فرضیه، با استفاده از بسته نرم افزاری samtools، فهرستی از SNPها بر روی توالی ترانسکریپتوم نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا کشف و سهم آنها در توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک ((RFI در جمعیتی از تلیسه های هلشتاین استرالیایی ارزیابی شد. این ترانسکریپتوم با همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. در مجموع، یک فهرست شامل 53478 نشانگر SNP بر روی توالی ترانسکریپتوم جمعیت مورد مطالعه کشف شد که بیشتر آنها در طراحی آرایه‌های SNP ایلومینا در نظر گرفته نشده‌اند. فهرست یافت شده با آرایه با تراکم بالا ایلومینا تنها 6336 نشانگر مشترک داشت. این فهرست مشترک نتوانست سهم بیشتری از واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک را توجیه نماید. پیشنهاد می شود جایگاههای کشف شده در پیش بینی‌های مبتنی بر توالی کل ژنوم به کار برده شوند تا بهتر ارزیابی گردند.
آرش جوانمرد؛ نادر اسدزاده؛ محمد حسین بناءبازی؛ کریم حسن پور؛ مختار غفاری
چکیده
دستیابی به روش دقیق، آسان و اقتصادی پیش‌انتخاب جنسیت جنین در صنعت گاو شیرده دارای اهمیت خاصی میباشد. اخیراً DNA با منشأ جنینی شناور در پلاسما و سرم مادر آبستن سوبسترای خوبی برای تعیین جنسیت جنین در اوایل دوره آبستنی پیشنهاد شدهاست. بدین منظور، تعداد 16 گاو هلشتاین با دوره آبستنی بعد هشت هفتگی، 4 گاو هلشتاین غیرآبستن و دو گاو نر(کنترل ...
بیشتر
دستیابی به روش دقیق، آسان و اقتصادی پیش‌انتخاب جنسیت جنین در صنعت گاو شیرده دارای اهمیت خاصی میباشد. اخیراً DNA با منشأ جنینی شناور در پلاسما و سرم مادر آبستن سوبسترای خوبی برای تعیین جنسیت جنین در اوایل دوره آبستنی پیشنهاد شدهاست. بدین منظور، تعداد 16 گاو هلشتاین با دوره آبستنی بعد هشت هفتگی، 4 گاو هلشتاین غیرآبستن و دو گاو نر(کنترل منفی) انتخاب و پلاسمای آنها برای استخراج ccfDNA تفکیک گردید. آغازگرهای این مطالعه بر اساس ژن DEAD box protein مستقر در هر دو کروموزوم X و Y طراحی و سنتز گردید. واکنش زنجیره پلی‌مراز با استفاده از روش‌های استاندارد موجود بهینهسازی شد. نتایج الگوهای الکتروفورزی محصولات حاصل از تکثیر بر روی ژل متافور آگارز شش درصد وجود دو باند در جنین نر و یک باند در جنین ماده را نشان داد. ردیابی جنسیت جنینهای تحت آزمایش پس از تولد، مطابقت نتایج مولکولی با جنسیت گوسالهها پیش از تولد را تأیید کرد. شاید بهتوان از این روش در بررسیهای مدیریتی تخمین تلیسه جایگزین در گله و یا کنترل فروش گاوهای هلشتاین آبستن مازاد استفاده کرد.
محمد زندی؛ مقداد جهانی مقدم؛ نبی اله آقازیارتی؛ محمد رضا سنجابی
چکیده
به منظور مشاهده اثرات دانه کتان بر روی عملکرد تولید مثلی گاوهای هلشتاین تازه زا، از 99 راس گاو شکم اول و 100 راس گاو با چند شکم زایش در قالب دو گروه آزمایشی شاهد و دانه کتان برای 28 روز اول پس از زایش استفاده شد و پس از آن هر دو گروه جیره یکسانی دریافت کردند. از نرم افزار آماری SAS با استفاده از از رویه های LOGISTIC برای تجزیه آماری داده ها استفاده ...
بیشتر
به منظور مشاهده اثرات دانه کتان بر روی عملکرد تولید مثلی گاوهای هلشتاین تازه زا، از 99 راس گاو شکم اول و 100 راس گاو با چند شکم زایش در قالب دو گروه آزمایشی شاهد و دانه کتان برای 28 روز اول پس از زایش استفاده شد و پس از آن هر دو گروه جیره یکسانی دریافت کردند. از نرم افزار آماری SAS با استفاده از از رویه های LOGISTIC برای تجزیه آماری داده ها استفاده شد. نتایج نشان دادند، استفاده از دانه کتان بر روی صفات تولید مثلی مانند میانگین تعداد تلقیح مصنوعی، نرخ آبستنی و عفونت های رحمی تاثیر معنیداری نداشت. شیوع کیست های تخمدانی در گاوهای شکم اول و چندشکم زایش برای جیره دانه کتان یکسان بود، در حالی که شیوع آن برای گاوهای چندشکم زایش، زمانی که از جیره شاهد استفاده کردند بهطور معنیداری بیشتر بود. با توجه به اثر دانه کتان در کاهش شیوع کیستهای تخمدانی در گاوهای چند شکم زایش در مقایسه با گاوهای شکم اول، استفاده از دانه کتان در جیره گاوهای شیری بخصوص در دامداریهایی که مشکلات مدیریتی دارند پیشنهاد می گردد.
عیسی دیرنده؛ محسن قلی زاده؛ محمد کاظمی فرد؛ هدی جواهری بارفروشی؛ وحید واحدی؛ حامد خلیل وندی؛ فرهاد صمدیان
چکیده
هدف از این تحقیق، بررسی دلایل و زمان حذف گاوها در شرایط تنش حرارتی از گله در طی 10 سال در گاوداریهای صنعتی ایران بود. دادههای تحقیق شامل، زمان تولد، چگونگی زایش، دلایل حذف، شکم در زمان زایش و فاصله زایش تا حذف، در طی سالهای 1383 تا 1393 جمع آوری شدند. در بیش از 6462 گاو حذف شده، ناتوانی تولیدمثل با فراوانی 22 درصد شایعترین عامل حذف ...
بیشتر
هدف از این تحقیق، بررسی دلایل و زمان حذف گاوها در شرایط تنش حرارتی از گله در طی 10 سال در گاوداریهای صنعتی ایران بود. دادههای تحقیق شامل، زمان تولد، چگونگی زایش، دلایل حذف، شکم در زمان زایش و فاصله زایش تا حذف، در طی سالهای 1383 تا 1393 جمع آوری شدند. در بیش از 6462 گاو حذف شده، ناتوانی تولیدمثل با فراوانی 22 درصد شایعترین عامل حذف بود و پس از آن لنگش با فراوانی 5/11 درصد و ورم پستان با فراوانی 4/9 درصد در رتبههای بعد قرار داشتند. میانگین و انحراف استاندارد نوبت زایش در زمان حذف 01/2 ± 27/3 بود. میانگین و انحراف استاندارد فاصله میان زایش تا حذف 80/202 ± 88/212 روز (روزهای شیردهی) بود و نزدیک 6/38 درصد گاوها در طی 100 روز اول بعد زایش حذف شدند. گاوهای حذف شده به دلیل تب شیر در 46/126 ± 56/88 روزگی (روزهای شیردهی) از گله حذف شدند ولی نسبت به دیگر گاوها در روزهای شیردهی بالاتری قرار داشتند(05/0>P). در مقابل، گاوهایی که به دلایل تولیدمثلی حذف شده بودند جوانتر بودند و در اواخر شیردهی حذف شدند (05/0>P). گاوهای حذف شده به دلیل ورم پستان و لنگش گله را زودتر (05/0>P) از گاوهای حذف شده به دلایل تولیدمثلی ترک کردند. این نتایج پیشنهاد میکنند که شایع ترین دلایل حذف به علت مشکلات تولیدمثلی بوده که بیشتر در گاوهای جوان و در اواخر دوره شیردهی روی داده است.
